Параллели с историческими событиями

Фабульная часть фильма с либеральных позиций обыгрывает историю взаимоотношений англоамериканских колонистов с индейцами. Мотив белого человека, который переходит в стан туземного врага, не нов для американской культуры (ср. «Танцы с волками», «Покахонтас»). Некоторые эпизоды наполнены очевидными аллюзиями на внешнюю и внутреннюю политику западных стран, и прежде всего США. Например:
На совещании перед решающей битвой полковник Куоритч (Стивен Лэнг) объявляет, что операция по усмирению пандорцев получила кодовое название «Шок и трепет» (англ. Shock and awe). Так называлась американская военная доктрина, разработанная в середине 1990-х годов и использованная в ходе вторжения в Ирак (отсутствует в русскоязычном дубляже).
Сельфридж (Джованни Рибизи) требует вычистить лес до основания ради залежей руды. Так поступали многие американские нефтяные компании в богатых этим полезным ископаемым джунглях Амазонки. Ср. также противостояние латиноамериканских правительств и «United Fruit Company».
В разговоре с Джейком Салли полковник вскользь упоминает, что участвовал в операциях американского военного контингента в Венесуэле и Нигерии и чудом остался жив. Следовательно, действие фильма происходит уже после вторжения США в эти страны. Обе упомянутые страны в реальности располагают богатыми нефтяными ресурсами.

Параллели с другими художественными произведениями

Сюжетный мотив проникновения людей в неизведанные края как на Земле («Затерянный мир», «Плутония», «Кинг-Конг»), так и за её пределами («Чужой») — один из самых распространённых в научной фантастике.
Прототипом для сюжета фильма послужила книга Эдгара Райса Берроуза («Джон Картер - марсианин») и, по некоторым сведениям, произведение Пола Андерсона «Зовите меня Джо». Прослеживаются сходства с «Неукротимой планетой» Гарри Гаррисона — планета, враждебно настроенная к колонистам, добывающим на планете редкие минералы.
Похожая планета с тем же самым названием Пандора и со схожей экосистемой фигурирует в цикле братьев Стругацких «Мир Полудня». Сам Борис Стругацкий поначалу никак не прокомментировал эти совпадения, однако после сообщений некоторых сетевых СМИ о якобы имеющихся у него претензиях к создателям фильма сделал официальное опровержение этих слухов.
Также имеются сходства с некоторыми произведениями фантастической литературы 80-х (например, трилогии Фрэнка Херберта «Ящик Пандоры», «Эффект Лазаря», «Фактор вознесения»).
Эпизод воздушного вторжения отсылает к подобной сцене из фильма Френсиса Форда Копполы «Апокалипсис сегодня».